כל משכיר למגורים נדרש, בבואו לחתום על חוזה השכרה, לבחור בין המסלולים השונים, ולהביא בחשבון שלפחות במסלול הפטור ממס חל שינוי בתקרת הפטור בינואר 2005 (לכ-1,200 דולר בחודש) ושינוי נוסף יחול ב-2006 (לכ-800 דולר); ב-2004 תקרת הפטור היתה כ-1,600 דולר לחודש. כלומר, חתימה או חידוש של השכרת נכס, למשך שנה, ועוד שנת אופציה - דהיינו עד תחילת 2007 - מחייבת את המשכיר לקבל החלטות: האם להשכיר? באיזה מחיר? לשימוש מגורים או עסקי? כמה מס הכנסה וכמה ביטוח לאומי יחולו על ההכנסות?

מסלול פטור ממס: לכאורה, תמיד עדיף לבחור במסלול הפטור ממס - אלא שכאמור החל בינואר 2006 מסלול זה יזכה בפטור רק עד הכנסות משכירות למגורים בסך 800 דולר לחודש. יתרה מכך, כל סכום מעל התקרה האמורה מפחית את הסכום הפטור ממס בגובה ההפרש. דוגמה: הכנסות משכירות למגורים בסך 1,000 דולר לחודש ב-2006 יקטינו את הסכום הפטור ממס ל-600 דולר בלבד. יתרת ה-400 דולר תהיה חייבת במס הכנסה מינימלי של 30% ועלולה להיות מחויבת גם בדמי ביטוח לאומי בשיעור של כ-13%.

בהוראה חדשה מ-2004 ניתן פטור מביטוח לאומי על הכנסות משכירות עד לתקרה הפטורה ממס, למי שבחר במסלול הפטור - אך אם הכנסותיו עולות על התקרה הפטורה, עודף זה יחויב בביטוח לאומי. הפטור מביטוח לאומי חל גם על הכנסות משכירות במסלול של 10% מס על המחזור. עניין הביטוח לאומי רלוונטי רק ליחיד שסך הכנסותיו מעבודה נמוכות מהכנסותיו הפאסיוויות, כולל מהשכרה, וכן לגבי מי שאין לו הכנסות מעבודה.

אם בחר המשכיר במסלול הפטור ממס, הבחירה תחול על כל ההכנסות מכל דירות המגורים שהוא משכיר בישראל ובשטחי יהודה, שומרון ועזה. ואולם הבחירה לא תחול בהכרח על הכנסות מהשכרת נכסים בחו"ל, שלגביהן ניתן לבחור בין מסלול המס בשיעור 15% למיסוי הרגיל.

מסלול 10% מס מחזור: כך היה המצב גם לגבי בחירת מסלול המס המופחת, בשיעור של 10%, עד סוף 2002, אלא שבעקבות הרפורמה אפשר לבחור להחיל מסלול זה על דירות מסוימות ואת מסלול המס הרגיל - על דירות אחרות, על אף שכולן מושכרות על ידי אותו משכיר. מסלול זה מאפשר, לכן, גמישות רבה יותר בתכנון המס על ההכנסות משכירות.

מסלול מיסוי רגיל: מסלול זה מאפשר להוסיף לתמהיל את הוצאות הפחת שמגיעות בגין רכישת המושכר והשבחתו, את הוצאות המימון כולל המשכנתא, וכן את הוצאות ההשכרה, התיווך והמשפטיות. כתוצאה מכך, פעמים רבות דווקא מסלול המיסוי הרגיל - יחיד ישלם לפי המס השולי שלו ולא פחות מ-30%, וחברה לפי מס חברות - יתברר כמסלול הזול מבחינת מיסוי.

מסלול 15% בחו"ל: כשמדובר בנכסים המושכרים בחו"ל, ניתן לבחור במסלול של 15% מס בלבד, ולוותר על התביעה של הוצאות מימון ואחרות שמתעוררות בהחזקה והשכרה של נכס בחו"ל. בנוסף, מסלול זה מחייב ויתור על המס ששולם בחו"ל, שבמקרים מסוימים מהווה גם מס סופי לפי אמנות למניעת כפל מס שיש לישראל עם אותה מדינה.

כשההוצאות הנוספות בשל מימון רכישת הנכס בחו"ל, החזקתו והשכרתו גבוהות, או שיש מיסוי גבוה בחו"ל - עדיף כמובן לבחור במסלול המיסוי הרגיל שיחול על ההכנסה מהשכרה נטו לאחר ניכוי מלוא ההוצאות. במיוחד נכון הדבר כשיש אמנה למניעת כפל מס הקובעת כי המס ששולם בחו"ל הוא סופי ולא ישולם מס נוסף בישראל.

סיבוך נוסף עשוי להיווצר כשכמה מהנכסים רשומים על שם בן הזוג או על שם הילדים. לעתים יידרש חישוב מס מאוחד על כל ההכנסות מההשכרה, ולעתים ניתן לדרוש חישוב מס נפרד על הכנסות מהשכרה של נכסים הרשומים על שם בן הזוג. כך הדבר גם לגבי החיוב בביטוח לאומי, שהפסיקה לגביו היא כי יחול באופן ספציפי, לפי הרישום בפועל של הזכויות במרשם המקרקעין - מה שיכול ליצור עדיפות להעברת הזכויות בנכסי המקרקעין מבן זוג אחד לשני.